El Hospital San Juan de Dios de Córdoba pertenece a la Provincia San Juan de Dios de España de la Orden Hospitalaria, una Institución sin ánimo de lucro perteneciente a la Iglesia Católica y dedicada a la atención sanitaria, sociosanitaria, social, docente e investigadora a través de diversos dispositivos, entre los que se incluyen hospitales, centros de salud mental, centros para personas con discapacidad, para personas mayores y para personas en situación de vulnerabilidad y exclusión social.
La Orden Hospitalaria sostiene un modelo de atención integral centrado en la persona asistida y su entorno social y familiar, adaptado a los retos de la sociedad actual, con los objetivos de promocionar y mejorar la salud de las personas y su calidad de vida sin distinción por cuestión de género, creencias u origen, y crear una sociedad más justa y solidaria.